Edinstvena lokacija Japonske in kompleks naravnih in podnebnih dejavnikov so privedli do odsotnosti rodovitne zemlje na otokih. Država nima kopenske komunikacije s celino. Nekatere živali na Japonskem so zaradi dolgotrajne izolacije tako spremenjene, da jih uvrščamo med podvrste.
Rastline Japonskih otokov
Na Japonskem je gozdov približno 60%. Na otokih živi približno 2750 vrst rastlin, od tega 168 drevesnih. Kljub strnjeni velikosti ozemlja je podnebje v državi raznoliko. Znotraj otokov so zabeležene rastlinske vrste, značilne za trope, subtropike in zmerne širine.
Rastline in živali Japonske so se dolgo razvijale izolirano od celine. To je privedlo do nekaterih razlik v razvoju vrst.
Tropska in subtropska vegetacija
Tropski deževni gozdovi so značilni za otoke Ryukyu. Od drevesnih oblik so pogoste naslednje: palme, cikada, fikus itd. V goratih predelih najdemo bor in jelko. Na otokih je veliko trte in epifitov, med katerimi prevladujejo praproti. O. Yaku je znan po tem, da je ohranil drevesa stara približno 2 tisoč let. Imajo dolžino do 50 m in premer debla do 5 m.
Morska obala približno. Kyushu zaseda tudi tropsko rastje. Na tem otoku do višine 1 km najdemo gozdove iz subtropskih dreves. Isti predstavniki rastlinskih vrst so značilni za Shikoku in Honshu (južni del). Prevladujoče vrste so zimzeleni hrasti, ciprese, bora, arborvitae in druge endemske vrste. V podrasti lahko ločimo magnolije in azaleje. Južni del japonskih otokov so v starih časih zasedli lovorovi gozdovi, kjer so večinoma rasli kamforjev lovor, čajni grm in japonska kamelija. Danes so te gozdne skupnosti le na približno. Honshu Sestava vrst v njih se je nekoliko spremenila. V subtropskem pasu je ponekod mogoče najti nasade bambusa in ginka.
Listovni gozdovi
Severni del okoli. Honshu in južna polovica Fr. Hokkaido je zaseden v teh gozdovih. V njih prevladujejo hrasti, bukve, kostanj, javor, lipa, jasen, gaber in druge lesnate rastline. Pobočja gora so območje listopadnih in iglastih gozdov. Slednje predstavljajo kriptomerija, tsuga, tise itd.
O približno. Hokkaido na nadmorski višini 0, 5 km nadomešča to rastlinsko skupnost jelka-smreka s primesjo bambusa. Del gorskih vrhov se nahaja zunaj gozdnega območja. Zasedajo jih posebne rastlinske skupnosti, ki vključujejo cedrov elfin, rododendron, heather itd.
Antropogeni vpliv na rastlinski in živalski svet Japonske je zaradi omejenega ozemlja in gosto poseljenih območij precej velik. Navadni gozdovi so zmanjšani in na njihovem mestu so nastala kmetijska zemljišča.
